2009年度市海洋环境质量公报3月2日披露：南通市近海海域及吕泗渔场污染形势依然严峻，海中的主要污染物为无机氮、活性磷酸盐。大部分陆源入海排污口超标排放仍较严重。同时，苏北浅滩生态系统仍处于亚健康状态，海洋环境质量有所好转，但总体形势不容乐观。

据公报，2009年，南通近岸海域沉积物质量状况总体较好，综合潜在生态风险较低。一般排污口超标排放，超标污染物主要为磷、氨氮等。被检测的陆源入海排污口中，有2条污染程度达到A级红色，占40%。

同时，对小洋口外闸排污口及邻近海域生态环境状况实施了4次全面检测，检测结果显示：小洋口外闸水质中超标污染物以总磷、氨氮、铅、汞、挥发酚为主，属于对海域环境造成危害最大的A级红色入海排污口，需实施最严格的监督管理。小洋口外闸水质中污染物主要为有机氯农药类、酚类。

但海洋环境质量也有亮点。重点养殖功能区，质量状况基本满足功能要求。蛎蚜山牡蛎礁海洋特别保护区，环境质量基本符合功能区环境要求。海洋垃圾主要为塑料类、木制品类和玻璃类，分布总体处于较低水平。此外，重大用海工程所在海域环境质量基本符合功能区环境要求。未发生赤潮，浒苔发生面积较上年有所减少。