1990年国务院批准公布了全国第一批国家级海洋自然保护区五处，它们分别是：
河北省昌黎黄金海岸自然保护区，主要保护对象是海岸自然景观及海区生态环境；
广西山口红树林生态自然保护区，主要保护对象是红树林生态系；
海南省大洲岛海洋生态自然保护区，主要保护对象是金丝燕及其栖息的海洋生态环境；
海南省三亚珊瑚礁自然保护区，主要保护对象是珊瑚礁及生态系；
浙江省南麂列岛海洋自然保护区，主要保护对象是贝、藻类及其生态环境。
在上述5个国家级海洋自然保护区基础上，1992年国务院又相继批准了福建晋江深沪湾海底古森林遗迹保护区和天