事实上，对于南水北调西线工程存废的争论，已经在政府部门、水利专家以及环保界人士间持续了长达数十年之久。而对此争论生成重大影响的是，06年10月底，三位中国水利界的权威人士─钱正英院士、潘家铮院士和沈国舫院士，以中国工程院的名义向国务院建议，暂缓建设西线工程。

据了解，从1992年起，西线工程计划沿途的青海、甘肃、宁夏、内蒙古、陕西、山西等6个极度缺水的省（区），每年都会向水利部、国务院建言，希望加快工程建设步伐。与此同时，有关西线慎行的呼声也不断上达中央。

此前由中国工程院主持、100多位专家院士参与完成的《西北地区水资源配置、生态环境建设和可持续发展战略研究》认为，建设西线工程是解决西北水资源短缺问题的根本方法之一。根据这一研究报告，西线工程的前期工作和开工准备被提前至2010年前完成，一期工程2015年通水，2030年前后完成二、三期工程。

此后，经过多年研究，钱正英、潘家铮和沈国舫三位中国工程院院士提出西线工程要谨慎处理，最好等中线、东线投入运行、具备相当经验后，再启动西线工程。潘家铮解释，已开工的中线工程原来预算投资不大，但实施后却大大增加，这不得不使他们谨慎对待规模更大、规划投资更多的西线工程。但是，南水北调西线工程前设计总工程师谈英武认为，西线工程虽然一直没有开工，但许多基础工作比中线更扎实，不会重蹈覆辙。