研究表明，赤潮发生后能自行消亡与海水中的营养物质、浮游动物对赤潮生物的捕食和环境素有关。
赤潮的发生有一个长消过程，在维持阶段时，赤潮生物繁殖加快，细胞数量骤增，为了维持自身的生命需要从海水中吸收大量的营养物质加上其他海洋生物对营养盐的需求利用，导致海水中的营养很快被耗尽，影响了赤潮生物的繁殖和生长；赤潮生物在海洋食物中处在最基层，而浮游动物和其他海洋生物靠摄取浮游植物生存，赤潮发生期间，由于这些生物对赤潮生物的捕食，使赤潮生物细胞数量急剧下降。
赤潮生物的自行消亡也与海洋环境要素的变化有关，如：受温度、光照、台风、阴雨天气等影响，可造成赤潮水团的不稳定，发以及海流、海浪、潮汐的突然变化都可导致赤潮生物的稀释、转移和消亡。