建馆五十年来，参访泉州海交馆并为其丰富馆藏折服者不计其数，其中包括诺贝尔物理学奖得主杨振宁、戴维·格罗斯等。
1984年,世界著名科学家李约瑟博士参观泉州海交馆宋代沉船陈列馆后,兴奋地赞叹：“这艘古船是中国自然科学史上最重要的发现之一！”
为了迎接联合国教科文组织考察活动的到来，在各级政府的大力支持下，1990年元旦，海交馆新馆开工建设，并于次年2月竣工。不久，联合国教科文组织考察团抵泉，在世界几十个国家专家学者的见证下，考察团负责人、联合国教科文组织多元文化部部长杜杜·迪安博士亲自为海交馆落成剪彩。
如今的海交馆是中国惟一以反映古代海外交通、海上丝绸之路，以及由此引发的各种经济、文化交流为主题的海事博物馆。它以中世纪东方第一大港——刺桐港的历史为轴心，以丰富独特的海交文物，生动地再现我国古代悠久辉煌的海洋文化，讴歌中国人民勇于征服海洋的英雄气概，展示了中华民族对人类开辟“海上丝绸之路”的重大贡献，以及在航海与造船技术方面的许多伟大发明。
然而，海交馆的这个“惟一”性正受到诸多城市的冲击和挑战。近年来，我国各沿海城市如上海、宁波、广州都意识到“海上丝绸之路”品牌对于城市历史文化定位的重要意义，因此均努力挖掘其资源并大手笔创建相关博物馆，上海市以20亿元的投资创建“中国航海博物馆”，而广东省则轰轰烈烈打捞“南海一号”沉船，在阳江市兴建“中国海上丝绸之路博物馆”。
为此，市政协委员、泉州海交馆馆长丁毓玲建议，将海交馆搬迁到东海，将原来新旧两个馆区整合在一起，并继续挖掘泉州沿海的古代沉船，将海交馆建成中国最大的航海史类博物馆，使之跻身于世界同类博物馆之前列。她认为，如果海交馆濒海而建，以其独特的建筑风格和鲜明的“海上丝绸之路”主题展现，必将成为泉州湾新城市最突出的标志性建筑。