日前，《中国水产科学研究院中长期发展规划（2009年—2020年）》通过农业部审议，正式出炉。通过对我国渔业科技发展现状、面临的机遇和挑战进行深入细致分析，该规划肯定了中国水科院国家级社会公益性科研机构的基本性质和重要作用，明确了水科院在我国渔业发展中承担全局性、基础性、关键性和方向性的重大科技问题的重要责任，是指导水科院未来12年发展的长期性、基础性、纲领性文件。农业部部长孙政才评价该《规划》，以科学发展观为指导，对水科院到2020年的发展战略、目标任务和工作重点进行了系统规划，有战略性指导意义，符合渔业发展要求。
2004年5月26日，水科院印发《关于做好〈中国水产科学研究院中长期发展规划〉编制工作的通知》，全面启动规划编制工作，先后历经战略研究、前期起草、调整扩充和修改完善四阶段。据悉，《规划》的编制不仅凝聚了水科院上下的集体智慧，而且得到了农业部的大力支持。
2004年8月，水科院组织成立了由40名专家参加的战略研究专家组，针对关系到全院中长期发展的学科创新体系、科技产业体系、质量标准体系、人才培养体系建设等重大战略问题，开展了一流院所建设、科技工作定位和目标、学科建设与发展、运行机制等九大方面的专题研究和十五个重点学科（研究领域）的发展战略研究工作。在近1年的时间里，形成了九个专题性《中国水产科学研究院中长期发展战略研究报告》和十五个《中国水产科学研究院重点学科（研究领域）发展战略报告》，并以此为依据，成立规划编制组，开展规划起草工作。经过4次集中编写，征求了有关部门和专家的意见，于2006年3月形成了《规划》初稿。2007年1月，水科院全面征求了农业部、科技部等有关部门和院属各所领导的意见和专家的建议，并在调整扩充的基础上进行修改完善，于7月形成了规划的送审讨论稿。8月，规划送审讨论稿被报送农业部人事劳动司、产业政策与法规司、市场与经济信息司、发展计划司、财务司、国际合作司、科技教育司、渔业局和直属机关党委等9个有关部门，征求意见和建议，在同时举行的7次咨询座谈会上，农业部有关司局17个处就规划具体内容均给出相关意见。根据意见和建议，水科院对该规划再次进行修改和完善，直至2009年1月14日获得审议通过。
《规划》共分六部分，分别对水科院发展现状、中长期发展的指导方针和目标、科学技术发展和建设重点、基本建设和财政保障重点、创新文化发展和建设重点以及保障措施进行了阐述。
发展现状部分通过对国家实施自主创新战略、建设社会主义新农村、国家农业科技创新体系建设以及实施《中国水生生物资源养护行动纲要》等重大决策和部署方面的系统、全面分析，找出水科院发展的政策依据；通过总结在“四大家鱼”人工繁殖、海带自然光育苗、对虾工厂化全人工育苗、大菱鲆苗种大批量生产和养殖等关键技术突破的标志性成就，突出强调了全院作为渔业科研国家队在推动渔业快速发展方面所发挥的作用；通过全面阐述在支撑渔业行业发展、科学研究、成果转化、人才队伍建设等方面所取得的成就，充分体现了水科院在国家渔业科技创新、服务“三农”、推进渔业现代化建设的“王牌”地位和重大责任；通过对成果、体制、自主创新能力、财政支持、人才队伍、基础条件、院所制度以及成果转化等七个方面的归纳，系统阐述了该院进一步发展面临的主要困难和挑战。
该规划的第二部分凝炼出了全院中长期发展的指导方针，即坚持产业导向，突出自主创新，加强推广应用，促进和谐发展，强调要以科学发展观为指导，认真贯彻落实新时期科技工作方针，紧紧围绕创新型国家的建设目标，围绕渔业发展的重点工作，促进全面跨越式发展，为渔业发展提供强大的科学技术支撑。
《规划》明确提出，到2020年，要基本实现“一流院所、三个基地”的发展目标，为保证总体目标的实现，根据全院功能定位和科学研究、服务行业发展、成果转化和人才队伍建设等主要工作，提出要形成科学研究、技术支撑、成果转化、人才培养四大体系。科学研究体系是指通过高效配置和综合集成科技资源建立的符合现代渔业科学发展规律、具有国际先进水平优势特色学科体系。技术支撑体系旨在提升该院为政府渔业决策、行业管理以及公众服务能力，解决渔业行业管理中的重大技术性问题和公益性问题。成果转化体系通过整合全院相关科技资源，强化技术集成示范、基地配套和培训基地建设，全面提升科技成果转化。人才培养体系则是围绕培养人才、吸引人才、用好人才三个环节，以提升人才资源能力建设为核心，持续稳定培养科研创新、科技管理、技术支撑服务以及成果转化四支人才队伍，满足水科院长远发展和人才总体需求，为全国培养渔业科技骨干队伍。对于近期发展方面，规划针对渔业发展需求和全院自身发展需要，从六个方面进行了概括。一是坚持科技创新，重点突破良种培育、水生生物的资源保护与生态修复、水产重大疫病疫苗和无公害渔药、优质高效水产养殖技术的集成与创新、主要水产品质量安全保障等制约行业发展的六大技术；二是服务行业发展，建立和完善常规性渔业资源调查监测、渔业生态环境监测、水产疫病监测与检疫、水产品质量安全保障、渔业装备与工程、水产健康养殖、渔业信息化和渔业发展战略等八大支撑系统；三是强化资源整合，建设基因组技术研究等公共技术研发、资源环境等公共研究服务和综合学术管理全院性公共平台；四是将院属各研究所建成具有高水平学术影响力的科学中心，并培养一批现代渔业产业基地群；五是构建起全院人才培养基本体系，加强对人才培养体系建设投入，创新人才培养和使用机制，形成20个左右水平较高的科技创新团队和一支具有现代管理水平的科技管理队伍；六是建设完善全院创新文化基本构架，加强院所园区建设、规章制度建设和科研道德建设，为推动促进出成果、出效益、出人才提供良好的创新文化氛围。
科学技术发展和建设部分是水科院科技工作的重点和核心。围绕“十一五”渔业发展对科技的重大需求，以支撑重点研究领域建设、提升科技创新能力提升为目标，从国家战略、行业需求、引导产业发展、学科建设、领域拓展和前瞻性研究等几个方面，水科院近期将组织实施六大类十五项重大研究项目。
根据《规划》要求，未来12年内，水科院将在原来15个重点学科（研究领域）的基础上，将渔业资源保护与利用、渔业生态环境、水产生物技术研究与应用、水产遗传育种、水产病害防治、水产养殖技术、水产加工与产物资源利用、水产品质量安全、渔业工程与装备、渔业信息与发展战略作为十大重点研究领域，并根据各研究领域现状和未来发展趋势，明确各领域的主要任务、优先方向和拓展方向。
基本建设和财政是保障全院稳定发展的硬件。《规划》围绕该院科学研究、技术支撑、成果转化、人才培养四大体系，提出了需要加强条件建设和争取财政支持的主要方向、重点内容和近期亟须实施的重大基本建设项目。在科学研究体系建设方面，以提高水产公共研发服务能力为目标，建设水产养殖动物应用基因组研究等一批公共实验平台。结合国家农业科技创新体系建设，在现有的部（省）级和院级重点实验室基础上，建设20个高水平综合性实验室；结合学科发展需求和农业部全国动物防疫、水产良种、农产品质量安全等七大体系建设规划，建设一批高水平专业实验室；以提升渔业资源调查和野外实验观测能力为目标，建设渔业资源调查船体系和野外观测站点；同时提出了水生生物资源收集、保护与生态评估等一批财政支持重点项目。在技术支撑体系建设方面，围绕常规性渔业资源调查等八个方面，提出了渔业资源环境监测、水产疫病和药物试验、水产品质量安全、渔业装备工程与防灾减灾研究、渔业发展研究及信息化网络等体系建设重点内容和常规性渔业资源调查监测等八个财政专项。在成果转化体系建设方面，提出了中试基地、中试生产车间、产业示范基地、培训基地等建设重点和科技成果转化示范与推广等财政支持项目。在人才培养体系建设方面，提出了科学交流中心、科研人才培养设施等建设重点和人才队伍建设等财政支持项目。
最后，《规划》从创新文化发展和建设以及保障措施两部分入手，以加强院所内部的机制创新、为科研工作营造良好的创新文化氛围为宗旨，树立唯实、求真、创新、和谐的院风，提倡“论文写在大地上、成果留在千万家”的科技创新作风，倡导有水产院特色创新文化的价值观等三个方面创造性地阐述了全院创新文化内涵，并提出了建设重点。为了确保全院中长期发展目标的完成，《规划》在加强领导和管理、深化改革、争取财政性投入和牵头组织开展科研大协作等方面提出了4项保障措施。