在没有灯塔的年代，航海之人最怕海上迷航，在黑夜里撞上了礁石，或者大风浪之中找不到避风港。妈祖经常为海上迷航的船只指点方向，这位女神身着红衣的形象本身便具有象征意义：她是一位伟大的导航使者。相传郑和下西洋时，途经福建洋面遇到风暴，海上浊浪滔天，船只颠簸摇荡，天空漆黑无光，船工们茫然不知所向。郑和想起海神妈祖，仰天祷告。祷告毕，只见在船头隐约出现了一盏红灯，妈祖信步浪尖从容导航。于是船队紧跟前进，脱离危险进入避风港。

另一个故事讲到：大风浪之夜，妈祖发现有一支来自阿拉伯的船队在海上迷失航向，处于危险之中。妈祖便把阿爸、阿妈叫出门，一把火点着了自己家的茅房，燃起熊熊火焰。黑夜中的船队看到了一片火光，于是辨明了陆地方向，将船驶入湄洲湾秀屿港而化险为夷。当外国商人看到妈祖家的残垣断壁时，无不感动流泪。正是这种不避亲疏的博爱胸怀，使妈祖成为一切海上谋生的人们所敬爱的海上女神。

妈祖16岁这年秋天九月，有一天，她的父与兄驾舟渡海北上，当时妈祖正在室中精心织布，忽然伏在织布机上闭起眼睛，脸色突变。一手抓梭，一手扶抒，两脚紧踏机轴，拼尽全力在挣扎扶持，惟恐有失。

其母发觉后，十分惊恐，急忙把她叫醒。妈祖于是失手将梭掉在地上。她睁开眼睛，顿足高声哭说：“我父得救，哥哥坠海死了！”其母听罢，十分惊慌，连忙差人打听消息。不一会儿有人来报，妈祖所言果然属实。当时其父在怒涛中，仓皇失措，几次将翻船，若似有人稳住其舵，与她哥哥的船靠近，无奈其兄已是舵摧舟覆了。当时妈祖闭着眼时，脚踏着的是父亲的船，而手抓的是兄船的舵，母亲把她叫醒，梭坠地，兄船舵摧倾覆了，父亲脱险返航，而其兄则被汹涌的浪涛所吞没。兄溺水后，妈祖陪着母亲、嫂嫂和几个村民一道驾船径往茫茫大海寻找哥哥的尸体去了。当时海水汹涌，他们突然发现一群水族聚集海面，大家不由得害怕起来。妈祖说，不要怕，并告诉水族不必迎接。突然水色变清，她哥哥的尸体已浮于海面。这时大家才知道是水神护尸来了。终于把兄尸载回，湄洲岛民无不称赞她孝顺和慈善。此后凡遇妈祖诞辰，半夜即有大鱼成群，环列于湄屿之前，好像拜舞的样子，黎明始散去。