长期以来人们认为，小卡博特·塞巴斯蒂安在第二次远航后，可能是因父亲去世而伤心，不再去北美探险了。英国人由于失望灰心，在此后的几十年里也不再进行沿西北航线前去东亚的任何新的认真的尝试了。但近年来的研究表明，小卡博特后来又在大西洋北部、美洲东北部高纬度地区进行了两次独立的远航探险和发现活动。
第一次发生在1504年。这年春天他率布里斯托尔商人提供的两艘船出发，到达了北美大陆，但不知他到了哪些地点。6月他们开始转向返航，秋天回到了布里斯托尔。 这次远航的地理发现成果不清楚。但在经济开发方面，两艘船带回了从纽芬兰地区捕获腌制的40吨咸鱼和7吨贵重的鳕鱼肝脏。
第二次远航探险是1508—1509年。小卡博特指挥由英王提供的两艘船，先经过冰岛和格陵兰岛，到达拉布拉多。小卡博特考察了直到北纬64度的拉布拉多东海岸。为了寻找通向东亚的西北新航路，他钻进了一个海峡。据保存下来的他的报告所提供的的信息判断，海峡位于北纬61度与64度之间。他们沿海峡向西北穿行了约10个经度，约540公里才得以通过。然后转向西南，进入一个开阔的大海，小卡博特称之为“太平洋”（Τихий Οкеа）。 （这时麦哲伦所横渡的太平洋还没被发现和命名）。这实际上是，继诺曼人之后，小卡博特首先发现了哈得逊海峡和哈得逊湾。由于船员们惧怕严寒和浮冰，小卡博特退出海峡，沿北美东海岸向南航行到今美国弗吉尼亚州一带的纬度，然后返航。今天，以卡博特父子姓氏命名的地名只有加拿大不太重要的卡博特海峡。但这不表明卡博特父子几次北美航行探险发现不甚重要，也不说明他们的历史地位无足轻重。