卡博特的首次远航探险极大地鼓舞了英国人。他们认为自己没花多大力气便取得了与西班牙人一样、比葡萄牙人还抢先一步的巨大成绩，因为卡博特首航发生在哥伦布首航之后，达·迦马首航之前。于是，英国很快组织了对“中国”的第二次远航探险。1498年3月，亨利七世下达了批准令，5月初，以约翰·卡博特为首的探险队启航。这次共有5条船，约200人。其中一艘出航不久便损坏，停靠在爱尔兰，退出了探险。
关于这次航行探险的情况人们所知甚少。人们推测，老卡博特在航行途中病死了，小卡博特·塞巴斯蒂安自然接替了父亲的指挥权。根据英国史学家伊莎贝尔·巴克利和西班牙地理学家拉斐尔·帕拉西俄斯（Rafael Palacios）的研究，此次探险从布城出发后驶向西北，先后经过了格陵兰岛、巴芬岛、后来由法国人卡提耶尔命名的圣劳伦斯湾，绕过了上次发现的纽芬兰，沿大陆海岸线继续向西南航行，一直到了马里兰（美国）后直接返航。在英国人的心目中，第二次探险耗费巨大，但无任何收益，得不偿失。实际上水手们没有注意到或没有认识到那一带的毛皮财富和森林资源。奇怪的是，人们获知卡博特父子第二次远航探险的地理发现成果并不主要来自英国的历史文献，而主要来自西班牙的历史文献。制图家胡安·德拉·科萨于1500年绘制的地图是已知最古老的画出了新大陆的著名地图。原图长186厘米，宽96厘米，彩色，制于羊皮上。
15世纪末卡博特父子的两次北美航行探险具有较大的意义：
1．他们继诺曼—维京人之后，在地理大发现时代和大航海时代首先发现了北美广大地区，从而开始了发现北美洲的进程。
2．他们在北纬52度至北纬36度的水域两次横渡北大西洋，从而把哥伦布开辟的新航线扩展到北美和北大西洋。
3．他们发现了盛产鱼类的纽芬兰大浅滩，以后从16世纪初便吸引了英国、法国、葡萄牙等国的渔民前去捕鱼。
4．他们的航海探险使英国加入地理大发现的行列，也是英国这个后来最大的殖民帝国、海洋霸王海外扩张的嚆矢，还是北美洲后来成为英语区的滥觞。
5．他们的航海探险证明，北美东北部没有香料、黄金、珍珠，没有城市，没有人眼。他们遇到的（二航时多次登陆并遇到）不是高度文明的中国人，而是身披兽皮，极其落后的印第安人。北美东海岸绝不可能是中国、日本、印度的东海岸。他们的航海探险从而促进了美洲是一块新大陆的认识的发展。此后，加上维斯普奇的发现，英国人开始把北美和东亚逐渐区分开来。