从2004年开始，南京大学文化与自然遗产研究所的工作人员一直在推动南京加入中国“海上丝绸之路”申报世界遗产的工作，并为此进行了大量的田野调查研究和论证。

根据该所的调查和其他专家们的确认，从公元3世纪上半叶的东吴时期一直到明代中后期，南京都有“海上丝绸之路”文化遗产保存至今。世界大航海家郑和及其下西洋活动更是在南京留下了诸多遗迹，包括龙江宝船厂遗址、郑和墓、郑和曾经生活过的地方如马府街“郑和府邸”遗迹、大报恩寺遗址、接见海外使臣的明代都城及皇宫遗址，与郑和一起下西洋的洪保（墓）遗迹，与郑和航海活动相关的静海寺遗址、天妃宫碑、净觉寺（伊斯兰教）遗迹等，以及当时因到南京互通友好却不幸病故于此的勃泥国（今文莱）国王墓等。一直到明代后期，还有来自意大利的传教士利玛窦、曾德昭等在南京活动，中外闻名的著作《利玛窦札记》中就有关于南京的丰富记录。

因此，留存至今的南京“海上丝绸之路”的文化遗产，具有承载和见证中国古代由国家力量主导的我国经由海上丝绸之路与世界相关国家经济、政治、文化、技术、思想、宗教以及商品、知识和价值交往互动的重大历史价值。当然，这种由国家主导的文化交流，同时也促进了民间的“海上丝绸之路”的发展和繁荣。