1998年的国务院机构改革使海洋管理体制有了新的变化，也为海洋事业的发展提供了新的动力。根据第九届全国人大第一次会议批准的国务院机构改革方案和《国务院关于机构设置的通知》，组建国土资源部。国土资源部是主管土地资源、矿产资源、海洋资源等自然资源的规划、管理、保护与合理利用的国务院组成部门。根据国务院的规定，管理国家海洋局和国家测绘局。国家海洋局是国土资源部管理的监督管理海域使用和海洋环境保护、依法维护海洋权益、组织海洋科技研究的行政机构。国家海洋局的基本职能为海洋立法、规划和管理；基本职责为海域使用管理、海洋环境保护、海洋科技、海洋国际合作、海洋减灾防灾和维护海洋权益等六个方面。国家环境保护总局涉及到海洋的职责是指导、协调和监督海洋环境保护工作；而在职能分解中，包括了监督管理海岸工程、陆源污染、拆船等海洋环境污染防治工作。交通部海事局保留使用中华人民共和国港务监督局和船舶检验局名称。农业部渔业局 （中华人民共和国渔政渔港监督管理局）涉及海洋的职责包括海洋渔业的管理、维护国家海洋和淡水管辖水域的渔业权益、监督执行国际渔业公约和双边、多边渔业协定，代表国家行使渔船检验和渔政、渔港监督管理权。海上执法管理涉及到五支执法队伍，包括中国海监、中国港监、中国渔政、海上边防巡逻大队和海上缉私队伍。
根据国家机构改革的部署，沿海地区建立了海洋管理机构，形成了三种海洋管理的模式：（1）海洋与渔业管理结合模式，实施海监管理的执法和渔政监督管理；（2）国土资源管理机构模式，在国土资源管理部门设置海洋管理机构，负责海洋管理和海上执法工作；（3）专职海洋管理机构模式，以独立的海洋管理机构进行海洋管理和海上执法工作。

这一时期，海洋事业发展重点是研究我国海岸带、海岛、内海、领海、毗连区、大陆架、专属经济区及其它管辖海域的海洋基本法律、法规和政策，制定海洋功能区划、海洋开发规划、海洋科技规划和科技兴海战略，监督管理海域（包括海岸带）使用和海域勘界，强化海洋环境保护与整治，监督海洋生物多样性和海洋生态环境保护，强化与周边国家海域划界工作；维护公海、国际海底中属于我国的资源权益；组织海洋基础与综合调查、海洋重大科技攻关和高新技术研究，发展海洋观测监测、灾害预报警报、综合信息、标准计量等公益服务系统，加强极地和大洋考察工作。

从2008年，我国海洋事业的发展进入了一个新的历史时期。国务院批准实施了《国家海洋事业发展规划纲要》，规划了海洋事业发展的蓝图。国务院批准实施了涉海有关部门新的“三定”方案，体现了党中央、国务院在新的历史时期对我国海洋事业的高度重视和对海洋行政主管部门的高度信任，是我国海洋事业发展进程中一个新的里程碑，是朝着实现海洋综合管理目标迈进的新的历史起点，将对当前和今后一段时期我国海洋事业的健康快速发展产生深远的影响。以海洋发展战略指导和海洋事务综合协调管理、分部门和分级管理相结合的新的海洋管理体制，为海洋事业快速健康发展形成了组织保障。

海洋事业发展的重点在海洋资源的可持续利用、海洋生态修复与环境保护、海洋经济的宏观调控与指导服务、海洋科技与教育创新、海洋公共服务、海洋执法与权益维护、国际海底区域工作、极地科学考察、海洋文化建设等领域，依据内水、领海、毗连区、专属经济区和大陆架、公海、国际海底及极地区域的不同法律地位和自然属性，统筹协调涉海管理活动，实施以生态系统为基础的海洋区域管理。