元至正十八年（公元1358年），元军征日本，遇风浪失利。部分兵船获妈祖庇佑救来澎湖，乃始建本庙。清顺治十八年（公元1661年），郑成功由此祷神佑，船入鹿耳门天险，驱退荷兰人。康熙二十二年（公元1683年）施琅于彭湖得助捷胜并登陆台湾，曾记于史。

该庙是台澎最早天后行宫，建筑古穆，木雕至为纤巧。稍下悬莲花、灯笼浑然天成。檐沿额枋雕饰更极精妙，山门下所刻南极仙翁及八仙，可称其最。