在“序厅”，正对博物馆的大门，安放着刚刚开光的曾参加上海世博会的汉白玉妈祖石像，让人感受到妈祖文化的全球性广泛影响力。

在“诞降与行善”这一展厅，主要介绍了作为人的妈祖，用幻灯片等形式详细叙说了妈祖的家世、故居、诞生时的祥瑞景象、妈祖少年时代的异秉以及少年妈祖行善救世被乡亲推崇称誉的事迹。

在“救海与升天”的展厅,多媒体大屏幕上展示了妈祖救海的惊险场景。

在“神迹与褒封”展厅内，介绍了作为人的妈祖，扶危济困、行善济世的事迹，和作为神的妈祖，慈悲博爱、护国庇民的神迹。

在“两岸情缘”展厅，展示了台湾岛的开发与妈祖东渡台湾的紧密相连的史实。

在“妈祖祭典”展厅，展示的是国家级非物质文化遗产——妈祖祭典的庄严而盛大的场面。

在“四海共仰”展厅，展示的是世界各地的妈祖分灵宫庙的分布状况，当前，妈祖分灵宫庙在世界各地已经有6000多座，，妈祖信众已达2亿多人，全世界凡是有华人的地方，必有妈祖信俗。

妈祖源流博物馆采用图片、蜡人、实物仿品、历史文物、三维动画等多媒体技术全面再现了妈祖文化的博大精深和对当今世界的广泛影响。