所谓全人工繁育就是用人工繁育养成至性成熟的子一代(F1)文昌鱼种作为亲体，人工繁育获得子二代(F2)文昌鱼苗以用于人工增养殖。通俗地说，实现文昌鱼全人工繁育批量生产，必须连续突破三道技术难关：一、用野生亲体人工繁育获得成批量的子一代(F1)文昌鱼苗；二、在人工条件下将成批量的子一代文昌鱼苗养殖至性成熟以从中选择人工亲体；三、用人工亲体人工繁育获得成批量的子二代(F2)文昌鱼苗。

厦门市水产研究所从2004年开始独立研究开发文昌鱼的全人工养殖技术，当年夏季用野生亲体人工繁育获得少量子一代文昌鱼苗(F1)；2005年夏季该所在国内外首次用野生文昌鱼亲体人工繁育获得成批量的子一代文昌鱼苗(F1)，并进而在冬季实施了首次文昌鱼资源人工增殖放流（向厦门文昌鱼保护区）；2007年夏季该所用人工亲体人工繁育获得少量子二代文昌鱼苗(F2)；2008年夏季该所又用人工亲体人工繁育获得成批量的子二代文昌鱼苗(F2)，至此，厦门文昌鱼的全人工繁育批量生产技术已臻成熟。2008年9月11日厦门市海洋与渔业局组织有关方面专家到前埔中试基地对该所承担的相关课题进行了现场验收。验收报告显示：此次全人工繁育试验获得的子二代(F2)文昌鱼苗总数为28.72万尾，文昌鱼苗平均全长0.913厘米；53天育苗成活率达19.2%

实现全人工繁育批量生产，对于文昌鱼这样一个濒危珍稀保护物种而言，具有特别重要的意义。由于全人工繁育所用亲体采自人工种群而非自然海区野生种群，因而可以使文昌鱼人工增养殖苗种的生产，彻底摆脱对野生文昌鱼亲体资源的依赖，对在推动发展文昌鱼增养殖业的同时搞好文昌鱼保护工作十分有利；文昌鱼全人工繁育批量生产的实现，为商业性开发利用文昌鱼这一宝贵生物资源开辟了道路，为以增养殖方式恢复厦门的文昌鱼渔业奠定了坚实的科学技术基础。