一、南京海事局

主要担负长江南京段水上交通运输安全监管，处置各类水上突发事件，负责水上搜救应急等职能。

二、南京市长江河道管理处

依法检查监督沿江单位和个人在长江南京段管理范围内的一切开发建设及其他各种生产活动，并提供配套服务；依法查处水事违法违章活动，及时清除违章建筑和行洪障碍等水行政执法工作。

三、长江下游水文水资源勘测局

承担长江下游干流九江至江阴和鄱阳湖及险工段的防汛测报、水下地形勘测、水质监测、水政监察、河势分析等公益性服务。

四、长江南京通信管理局

担负长江干线水上船运及区域港航单位和中、外船舶的安全通信，无线电行政执法及安全信息服务保障，提供遇险救助通信，保障水上110治安通信。负责长江防汛、战枯水、长江航运安全性突发事件等应急通信保障。

五、中石化长江燃料有限公司南京分公司

全国最大的内河水上成品油销售企业。南京分公司占南京水上市场的70%以上，公司经营业务以长江干线及其支流、湖泊的水上成品油经营为主。

六、长江南京航道工程局

具有住房和城乡建设部颁发的港口与航道工程施工总承包壹级、航道工程专业承包壹级、河湖整治工程专业承包壹级资质，拥有国家商务部（原外经贸部）授予的对外经济技术合作经营权。

七、中国船级社南京分社

中国唯一从事船舶入级检验业务的专业机构，也是国际船级社协会（IACS）13家正式会员之一。其主要业务为：国内外船舶、海上设施、集装箱及相关工业产品的入级检验、公正检验、鉴证检验和经政府主管机关授权的法定检验业务。