三疣梭子蟹被细菌感染后，常表现两种症状：甲壳和附肢等部凹陷溃烂，如甲壳病；引起局部组织器官感染或转为全身性败血症。在整个生活史中都可能受细菌感染而发病，主要有弧菌病及细菌性甲壳病。
1、弧菌病
病蟹外部症状表现为昏睡，体弱，甲壳变色，鳃水肿、不透明，鳃上皮加厚，步足颤抖和麻痹。解剖症状为血不凝固或凝固很慢，血细胞减少，细菌在血中可以观察到。从病蟹中分离的细菌有弧菌、假单胞菌、噬纤维菌、产黄杆菌等。溶藻性弧菌和假单胞菌是引起梭子蟹蚤状幼体大量死亡的细菌，成蟹在细菌感染7～10天后出现较高的死亡率。细菌病在夏季高温季节较常出现，死亡率可达50%左右。
防治方法：养成期要降低养殖密度，提高饵料质量和换水率。成蟹每千克饵料配1克抗生素投喂7天，同时用1克/米3（有效氯25%～30%）漂白粉全池均匀泼洒。
2、细菌性甲壳病
症状常见于蟹的腹面。早期阶段腹面出现点状褐色斑点和褐红色凹陷区域。晚期这些斑点形成深层不规则区域，出现侧棘和附肢的坏死，导致侧棘末端与基部蜕离，坏死部位常发生在腹面甲壳表面。从病理切片观察溃斑坏死只是在表层，内部深层坏死未见到。表面解质层、外几丁质层和钙化内角质层都逐渐受腐蚀而消失，但受感染的甲壳内层得到保护。据报道，从病蟹中分离的溶藻性弧菌、鳗弧菌和副溶血弧菌，这些细菌在受到损伤蟹的甲壳上两个星期出现溃烂，而在未损伤的蟹体上感染却没有效果。细菌性甲壳病在晚秋、冬季比夏季盛行，死亡率可达10%～85%，成蟹较幼蟹发病率高。养殖时期越长，发病率越高。
防治方法：加强养殖管理，避免机械性损伤，发现病蟹及时清除，以防疾病蔓延。投喂高质量饵料，缩短养殖周期，控制养殖水环境。以20毫升/米3福尔马林全池泼洒一天后换水，连续数次。同时连续投喂抗生素药饵3～5天。对病蟹可用10毫升/米3喹啉酸浸洗处理。