光合细菌以其无毒、无害、无残留等优点作为水质改良剂和饲料添加剂被应用于水产无公害养殖生产实践中。它的作用如下。
一、净化水质
光合细菌进入水体后，降解水体中的残存饲料、养殖动物排泄物、浮游生物残体及其它有机物；同时吸收利用水中的NH3、亚氨、亚硝酸盐、二氧化硫等溶解性有害物质，用以合成光合细菌菌体；避免固体有机物质的残留和有害物质的积累，起到改善水质的作用。
二、增加氧含量
光合细菌是厌氧菌，生长过程不消耗氧气，光合细菌分解有机物，因而抑制好氧菌的生长，减少了好氧菌造成的氧气含量降低，间接增加了水体的氧含量。同时光合细菌大量繁殖促进浮游植物的生长，浮游植物呼吸产生的氧增加了水体的氧含量。
三、补充开口饲料
光合细菌在水体中大量生长繁殖，为水体中原生动物、轮虫、枝角类等浮游生物的迅速生长提供了基础饲料。因此，浮游生物大量繁殖，为养殖动物提供充足的开口饲料。
四、减少病害
光合细菌投入水体以后，迅速繁殖形成种群优势，通过食物、寄生场所的竞争和分泌抗生素类物质，抑制了水产动物病原菌的生长和繁殖，降低了病原菌的数量，减少了水产动物病害的发生。
五、促进生长
光合细菌进入消化道后，所分泌的酶类可以帮助消化、促进吸收，既提高饲料利用率，又促进养殖动物的生长。同时，水质的改善、氧含量的增加可以使养殖动物在更适合的环境中生长，摄食活跃，生长速度加快。
六、培养优良藻类
水体中使用光合细菌后，藻类以硅藻、绿藻占优势，蓝藻等其他杂藻受到抑制。光合细菌分解水体中的有机物，持续均匀地为藻类生长提供营养，使藻相与菌相保持最佳的平衡状态，水色稳定。
随着光合细菌在水产养殖生产实践中的不断开发应用，它的作用会逐渐被人们所重视。