1、预防为主 大菱鲆纤毛虫病的大规模发生与养殖环境条件密不可分，环境条件好，鱼的抗病能力和应激能力强，受感染的几率小，因此保持良好的养殖环境很重要。在生产上应从源头上入手，首先，注意保持水质的盐度、温度、透明度等，不要有大的变化，有条件的厂家定期测量溶解氧、氨氮含量等水质指标。其次，定期清理池底和消毒，对养殖池采用半个月扫底、甲醛或含碘消毒剂消毒1次，1个月倒池1次，倒池后用抗菌药进行药浴，投饵后大排水1次，及时清污，保持池底的清洁，减少纤毛虫滋生条件。
日常操作尤其是苗种及成鱼倒池，要小心谨慎，防止鱼体受伤。鱼苗养殖控制合理密度。投饵不要过多。一旦发现纤毛虫病，应对病鱼和发病鱼池进行隔离消毒，同时采取对症下药，综合治疗的方法。
2、福尔马林配合抗菌药治疗 发病初期，纤毛虫在鱼体表浅处时可治愈，若纤毛虫通过体表溃烂处、鳃进入脑、肝脏等内脏器官则没有有效的治疗手段。因此要勤观察勤检查，早发现早治疗。调查中发现单纯使用甲醛药浴，对纤毛虫的杀灭效果不佳。药浴后镜检发现未杀死的虫体仍可繁殖，药浴仅在一定程度上减缓了纤毛虫的繁殖速度。如果同时采取淡水浸泡的办法，能够在短时间内抑制住纤毛虫的繁殖，取得较好效果，因此建议在发病早期采用100～200×10-6的福尔马林浸浴1～2小时再加淡水浸泡病鱼5～15分钟。同时为了防止继发性细菌感染，配合使用抗菌药是非常必要的，该方法一般需要连续使用3～5日，且用药过程中需时刻观察，防止鱼体出现缺氧状况。
3、中草药治疗 目前中草药治疗是水产动物疾病治疗的发展方向，符合无公害养殖及食品安全的要求。调查中也发现，有些养殖户采用中草药治疗纤毛虫病，效果较好，具体方法为：苦参、大黄、百部、五倍子、黄莲、贯众研成粉末，35mg/L药浴，每天2次，连续4天，同时，配合饵料中可添加免疫多糖及多维素，以增强鱼体自身的免疫力。此外，也可制成药饵，5g/kg，连续投喂10天。