随着水产养殖业的不断发展，抗生素在水产养殖上的应用越采越广泛，抗生素的应用有效地控制了许多水产疾病的发生，极大地促进了水产养殖业的发展。但是，由于抗生素的使用容易产生耐药菌株，存在药物残留以及容易破坏水生动物微生态平衡，使得水产养殖病害防治工作越加困难，水产品安全得不到保证。因此，为了人类的健康和水产养殖业的可持续发展，我们有必要充分科学、公正地认识抗生素在水产养殖应用中的利和弊。
1 抗生素对水产养殖的积极作用
抗生素对水产养殖的作用主要有疾病防治、促进生长以及节约营养成分等方面：
1.1防治疾病
水生动物疾病有许多是由于致病性细菌、真菌通过直接或间接途径感染引起的，如鱼类的烂鳃病、肠炎病、水霉病，中华绒整舞水肿病，对虾的烂肢病等。利用抗生素可以有效地抑制或杀灭这些致病微生物，如氯霉素可以抑制淡水养殖中的致病性气单胞菌，氟喹诺酮类抗生素可以抑制海水养殖中的致病性弧菌，制霉菌素可以抑制某些真菌的感染。抗生素的应用使得水产养殖上许多暴发性疾病得到了很好的控制，这是抗生素在水产上得以大量使用的主要原因。
1.2 促进生长
大量研究证明，抗生素的使用可以改善水生动物的肠道状况，如使嗜酸性粒细胞减少，肠道的有效吸收面积增加等。这些变化能够更加有利于养殖动物的消化吸收；研究发现，在生产中投喂含某些抗生素的饵料可以减少肠道微生物的产氨量，减少养殖对象用于维持氨引起的代谢增强所需的能量和营养物质，使更多的能量和营养用于生长。
1.3 节约营养成分
抗生素在水产的使用可以减少养殖对象对维生素、氨基酸以及矿物质的需求。研究发现，在饲料中添加抗生素可以节约维生素B1、B2、B6、烟酸、生物素等营养成分。
2 抗生素在水产养殖中应用带采的副作用
2.1 耐药菌株的产生
某种曾经有效的抗生素在生产上低剂量、长时期使用后，会出现药效减弱或完全消失的现象，这是因为病原菌对抗生素产生了抗性或耐药性，即产生了耐药菌株。耐药菌株的产生使得生产上用药量越来越大，药效越来越差，既增加了生产成本，又增加了防治难度。耐药菌株的产生同时也对人类的公共卫生构成了威胁。2000年6月，世界卫生组织主持召开了“关于控制食用动物抗生素耐药性的全球原则”咨询会，呼吁各国对抗生素谨慎使用。
2.2 在水产品中产生药物残留
抗生素使用后进入水生动物的血液循环，大多数会被排出体外，极少数则会残留在体内组织中，并且随着多次使用在体内蓄积起来。抗生素的残留在影响人类身体健康的同时，也会影响水产养殖业本身的发展。
2.3 破坏了微生态平衡
水是水生动物赖以生存的环境，其中有许多有益微生物，如光合细菌、硝化细菌等；水生动物的肠道里也有大量有益微生物，如乳酸杆菌、部分弧菌等。它们在维持水环境的稳定、水生动物代谢平衡中起着关键性的作用，成为水产动物体内外微生态平衡中的重要组成部分。抗生素的使用在抑制或杀灭病原微生物的同时可能会抑制这些有益微生物，使水生动物体内外微生态平衡被打破，导致微生态环境恶化或消化吸收障碍而引起新的疾病。
2.4 对免疫系统有抑制作用
抗生素对免疫系统的作用主要表现为对吞噬细胞的抑制。一是抗生素直接影响吞噬细胞的功能；二是通过影响微生物而影响吞噬细胞对微生物的趋化、摄取和杀灭等功能。据报道，采用土霉素注射鲤鱼，可以明显地抑制鲤鱼的细胞免疫机能。
抗生素在水产养殖病害防治中有显著的应用效果，但其利弊之间的矛盾日益激化?已经受到许多专家的普遍关注。因此，为了人类的健康和水产养殖的发展，应该科学、合理地认识抗生素使用的利和弊，在生产中谨慎使用抗生素。