说起万峰庵，尽人皆知，登上龙峰山岗，在烈士纪念碑的西侧山坳里，伴随着梵音和钟鼓之声，它静静地在这里矗立了上百年。
这是一个外表极为寻常的寺庵，正大殿供奉释迦牟尼等三尊佛祖，但不同的是，在正殿右侧，却又供奉着峨冠博带、须发粲然的日光菩萨和月光菩萨。佛祖与民间神人同殿，释道合龛，典型的寺、庙混合体是万峰庵的一大特色。日光、月光菩萨是哪方神圣？说来就不简单了。这还先得从定海的古刹普慈寺说起。
定海的普慈寺位于北门，即现今的舟山革命烈士陵园位置。普慈寺曾是定海最古老的寺院之一，据史料记载，普慈寺创建于东晋，具规模于唐代，到宋朝已十分兴盛，元代达到鼎盛，至明废县后开始衰落，嗣后该寺几经兴废，最后焚毁于日本人的战火中。之前称观音院，宋治平年间才赐“普慈”额。据志书记载：相传在清乾隆初年，普慈寺有一位惠宗和尚，因为“擅自收留了一名海盗，犯了寺规，被逐出山门”。那惠宗和尚无处可去，便在龙峰山麓西侧结茅修行。惠宗死后，其妹于乾隆二十三年削发为尼，继续在惠宗住过的茅棚修行。这个“结茅”处便是现在万峰庵的位置。
现在的问题是：那个惠宗和尚只是“收留了一个海盗”，就被无情地逐出山门，这也太蹊跷了。根据佛门教义：我佛慈悲，对一切众生都不舍弃，哪怕你曾经作恶多端，只要放下屠刀，皆可立地成佛。意思就是说，在之前哪怕你杀人如麻，只要皈依佛门，佛门是绝不会舍弃你的，同时也一定能修成正果。因此，普慈寺对惠宗和尚的处理显然不符合佛门禅宗。
他收留的当真是一名海盗吗？
现在让我们将视线转向历史时空深处的明代末期。明崇祯十七年(1644年)三月十八日，李自成攻克北京，十九日凌晨，明朝末代皇帝朱由检在后宫逼杀了皇后、嫔妃和自己的儿女，和太监王承恩走上景山顶的万寿亭，在亭旁的一棵海棠树上双双自缢,将近三百年的朱明皇朝在这一天算是拉上了帷幕。但是由于复杂多变的历史机遇，闯王的大顺朝并没有取代朱明的天下，却意外为满清王朝所攫取。满清入主中原是一个血腥屠杀的过程。十万清兵如入无人之境，且不说“扬州十日”、“嘉定屠城”、“血洗江南、岭南”杀人如麻，就是定海这个在顺治年间的人口统计中连城乡在内总共9700余户(1987年版《定海县志》载)，按每户五口计，也不足五万人的小小的悬海之城，也于顺治八年清军登岛屠杀了18000多人！杀了总人口三分之一强。统治权力更叠的战争是残酷的杀戮的过程，被推翻的皇朝总是迟迟不愿退出历史的舞台，杀戮便成为征服一个民族的唯一手段。遗明孤臣如张苍水、张肯堂、张名振等为反清复明扈从鲁王朱以海流落于海岛中，妄图作最后挣扎。定海城被清兵攻陷后，除上万的无辜百姓被戮之外，南明小朝廷的260多名臣僚人物自然作为重点的诛杀对象。但也不尽然，例如张苍水就隐迹于海岛中，以明代兵部尚书之职继续组织他的军队进行反清斗争达十九年之久，于1664年才“散兵隐居”于悬岙，旋被执，于杭州临刑。
扯远了，现在，让我们回过头来说正题。普慈寺作为一个定海有名的古寺，不可能不成为遗明孤臣残余政治势力的隐藏之地。 “海盗”还仅仅是一名“刑事犯”，他还可以“放下屠刀立地成佛”，而遗明孤臣却是危险的“政治犯”。乾隆年间已是“海晏河清”的清朝天下，“肃清明代余孽”的“运动”一阵紧似一阵，如果容许一名遗明孤臣在寺内躲藏，对于住持来说，无异是一把达摩克利斯之剑，他哪里能承受得了这个政治压力？因此，他必须将这个烫手山芋尽快剔除出寺。但必须罗织一个不痛不痒的罪名才行，于是，惠宗和尚，这个已经皈依佛门的遗明孤臣(或许可能是朱氏皇族子弟)便以“容留海盗”违犯寺规被“逐出山门”。
惠宗和尚在乾隆年间“逐出山门”时已年五旬有余，这从甲申之难(1644年)算来已经过了近百年，即使是由张苍水“托孤”，也已八十多年了。惠宗包括其妹作为末世的朱明皇朝也只能是第二代。封建明廷顽强的排满情结和遗臣的愚忠由此可见一斑。
这位有明皇族子弟在普慈寺不远的龙峰山北麓结茅修行，当然还可能与普慈寺暗中保持一定的联系。他死后还由他削发为尼的妹子继续在他的茅棚中修行，他妹子的身份也不言自明。兄妹俩在修行的过程中，以祭奉佛祖作为掩护，创立并供奉日光菩萨和月光菩萨。其中日光菩萨的生日为三月十九日，并将这一日定为香期。前文已述，崇祯甲申三月十九日是明代末代皇帝自缢的忌日，也是明亡的“国难日”，他们把崇祯奉为“太阳”、“日光菩萨”，用意十分明显，非但如此，他们并写出了专门诵念日光菩萨的《太阳经》。 《太阳经》云：“太阳明明朱光佛，朱光佛。三月十九是生日。家家户户点红灯，照得天下大明明……”你看，几句经文中就有那么多的“朱”、“明”字眼。要“朱光佛”“照得天下大明明”，充分说明了复辟之心不死，只是由公开的武装夺权转入精神寄托形式。这个庵堂便成为遗明孤臣的最后精神领地。
郭沫若在1944年所著《甲申三百年祭》一文中详细论述了明朝和大顺灭亡的过程和原因。而今，第六个“甲申”也已过去好几年了。万峰庵的初创者作为明廷的遗孤，不但成功地躲过了清朝政府的追杀，还创立了以祀奉明末皇帝崇祯的“日光菩萨”和《太阳经》，从而一直成为明朝残余势力的精神寄托领地。三百六十五年后的今天，奔流不息的历史长河早已把明清这一段恩怨冲刷殆尽，万峰庵也就逐步淡化了对甲申靖难日的记忆，日光菩萨已请入另殿供奉，庵院历届住持便也以释祖作为主要的供奉对象。但正是由于这一段历史存在，万峰庵就比其他寺庵更加具有一定的政治色彩。
至今万峰庵是政府保留和开放的寺庵之一。