自宋代以来，各朝代谕祭仪式均非常隆重。《元史·祭祀志》记：“至元中（1279—1294年）以护海运有奇应，加封天妃，神号积至十字，庙曰灵慈。直沽、平江、周 、泉、福、兴化等处皆有庙。皇庆（1312—1313年）以来，岁遣使降香遍祭，金幡一合，银一铤，付平江官漕司及（各）本府官，用柔毛（羊）、酒醴，便服行事；祝文云：维年月日，皇帝特遣某官等致祭于护国庇民广济福慧明著天妃。”
《明史·礼志》记“降香遣官仪：祀前一日清晨（按：这是祭庙在京都内的），皇帝披弁服，升奉天殿，捧香者以香授献官（奉旨主祭者），献官捧由中陛降中道，出至午门外，置（香）龙亭内，仪仗鼓吹导引至祭所，后定：祭之日降香，如常仪。中严（祭庙森严）以待献官，祭毕，复命，解严还宫。”又记：永乐七年（1409年）封为：护国庇民妙灵昭应弘仁普济天妃。以正月十五日、三月二十三日，南京太常寺官祭。……诸庙皆少牢（羊一、猪一）。
《清史稿·礼志》记“凡列祀典者，有司（地方官）随时致严（虔）。用羊一、猪一、果五盘、帛一、樽一、爵三，读祝叩拜如故事。”又嘉庆十五年（1810年）：“发大小藏香五炷，交温成惠，沿海处祀谢。”前此，雍正皇帝诏普天（下）行三跪九叩首礼。这是当时封建制度臣民对皇帝的最高礼仪。在祭祀上能享受和皇帝同样的荣典的，只有三人，即被尊为宣圣的孔子、武圣的关公以及天后祖姑。礼遇尊崇，到了极点。
十年“文革”中，港台祠宗谱和祭典仪注等册籍均遭焚毁。为了保存古典，经搜集父老们的回忆，参核其他文献资料，祖祠董事会加以整理，俾子孙为世守之宝。
1、祖祠用四拜礼；祖姑用三跪九叩首礼均存其旧。现代则皆改用三鞠躬礼。
2、“族范”为邵州公廿二世孙（材行房）明太子少保刑部尚书谥贞肃讳俊公撰，为开先祠祭祀时对族众宣读的，故邵州派下各房祭祠例须宣读“族范”。尚存明嘉靖十五年（1536年）少保公之子林达篆书石刻（在莆田市博物馆）。
祖祠春祭时间为农历三月廿三日，秋祭时间为农历九月初九日。由族长主祭，六房各房长参加陪祭。