到永乐、宣德年间，虽历数朝，但海禁政策并未根本改善，明成祖仍然规定：“禁民间海船，原有海船者，皆改为平头船，所在有司防其出入”（《永乐实录》卷27）。
正统年间（1436~1449），海禁再度紧张，到嘉靖年间（1522~1565），达到登峰造极地步，明世宗下令：“一切违禁大船，尽毁之”、“沿海军民私与贼市，其邻舍不举者连坐”（《嘉靖实录》卷38）。为此，沿海地方政府严令禁海，毫不手软，下令“私造双桅大船下海者，务必捕获治之”，“查海船但双桅者，即捕之，所载即非番物，俱发戍边卫”（《嘉靖实录》卷38）。
在实行海禁的同时，又厉行迁民政策。洪武二十年（1387），朱元璋派信国公汤和经略沿海，汤和以“海岛居民，外联海盗，内相仇杀”为由，奏请徙民，除城区（今舟山市定海区）准留547户8805人外，其余46岛13000余户34000余人悉数迁往浙东、浙西各州县和安徽凤阳。关于这次迁民的具体情况，史料记载极少，传说系经“复翁”王国祚面陈朱元璋，才得以保留舟山547户人家。据《定海县志》记载，王国祚来到南京求见明太祖，奏云：“往昔海寇不敢侵扰宁波，盖畏昌国断其后路。今昌国徙民减兵，海寇无所顾忌，外海不靖，内寇必乘机烽起，因将无宁日。故恢复翁山，亦即屏障内地。守昌国，内地军饷可减，乡亲与其流离冻馁他乡，不如且耕且守，团练自保。 ”王国祚作为一介草民，凭什么能面见朱元璋？据说他曾救助过一位前往普陀山进香途中遇难的王子。但此说未见诸史籍。惟据明万历间进士王士性《广志绎》卷四记载：“宁（波）、台（州）、温（州）滨海皆有大岛，其中都鄙或与城市半，或十之三，咸大姓聚居。国初汤信国奉勒行海，惧行倭，徙其民市居之，约午前迁者为民，午后迁者为军。至今（舟山各岙）石栏础、碓磨犹存，野鸡、野犬自飞走者，咸当时家禽所遗种也。 ”
舟山徙民，历史上不止发生一次，此后在嘉靖三十六年、清顺治十三年、康熙十年又发生过多次，当时统治者迁民政策有多么严厉，可从“午前迁者为民，午后迁者为军”得到印证，整个城市，男女老幼数万人，家产细软何止万千，勒令在半天内离境，那是多么的悲惨和残酷！关于迁民，我们还可从甬上举人谢泰交一篇纪念友人黄与坚的 《笔记》中得到印证：“先是浙东以舟山民徙内地，舟山环岙七十二，居民计数万，踉跄迁徙，冻馁载道。时严冬，先生（黄与坚）出家钱，并发囷粟为粥，糜人给之。条上便宜事四：渡民宜广招船户，不得禁私渡，一也；风汛不测，当宽期，使获济，二也；徙民槖装，毋抢夺，三也；令所在地方安插，无得拒阻隔，四也。四者行，流人皆德之……”另外，四明诗人李邺嗣目睹舟山徙民情状悲惨，赋《翁洲词》并序云：
翁洲未徙前，城门鸣，鸟聚噪，万数井水墨，未几变起。翁山多猿，山家畜犬禦之。火后犬奔，山猿鸣，满谷 所谓鸟乱于上，兽乱于下矣！
黑云如山海上奔，白日鬼啼翁洲门。鸟鹂百万啄人屋，腥风夜吹井水浑。须臾大火空城起，七十二岛同时焚。寿冷流民缘岸哭，十家五家徙鱼腹。黄犬嗥嗥走山谷，老猿引雏尽登木！
空城火起，七十二岛同时焚！流民们缘岸哭泣，沧浪之间，10家中有5家落水喂鱼腹，这是一幅多么惨不忍睹的悲惨景象。舟山所有岙门居民悉数被迁，沈家门岙自不例外，自洪武二十年后，至万历300余年间，沈家门基本上没有居民，更没有渔业生产，当然不存在永乐年间 “渔港开港”了。对此，还可从胡宗宪《筹海图编》获得印证，因《筹海图编》编成于嘉靖四十年（1561），不仅是当事人记载当时情况的一部资料书，而且是一部进呈御览的海防书，不可能言无所据。该书记载明初以来，今岭陀山内的舵岙、南岙、赵岙一带居民，为了防止倭寇劫掠，筑墙于今教场北麓之大岭，阻截了这条通往各内岙的“总路”。说明当时“大岭”是沈家门通往舵岙、南岙等地的唯一道路，大岭外面沈家门岙和教场地方，因屡遭倭寇劫杀，又经迁徒，没有居民，只驻有军队。胡宗宪又说：“近贼径由水路或门道而入，累被劫掠。 ”既有驻军，为什么还被劫掠呢，说明有一段时间，沈家门防守松懈，查正统二年 （1437），因“陆上城守乏人，倭贼登岸杀掠，水寨之海船重大，须得顺风便潮，卒难驾驶，不能赴援”，因此掣散了沈家门水寨。作为天然良港的沈家门，实为大明军事要塞，一但松懈，就会被倭寇占空子，造成悲剧，这是血的教训。
