海洋环境监测的概念提出，大约在本世纪中叶，其原因是当时人类已经感受到来自海洋污染的威胁。
1971年斯德哥尔摩人类环境会议之后，各沿海国，尤其是发达国家纷纷开始海洋环境保护管理的理论研究及具体实践。实践发现，海洋管理的对象是海洋开发的行为人，若不准确详尽了解海洋开发行为人在其行为过程中，甚至在其行为结束后的一定时期内对海洋环境所产生的不良影响，所制定的相应法律条文难以在管理过程中得到有效应用，同时，法律的制定与修改也与我们对海洋环境的了解程序息息相关。由此，海洋环境监测应运而生。”
海洋管理的实践表明，管理作为一种行政过程，其充分条件有二：一是适用的法规；二是管理海域环境要素及入海污染物质的状态。管理法规一旦制定，会有相当的稳定期。监测则不然，它是一个连续、掌握环境要素不同周期(即潮汐、日、周、旬、月、季、年、多年等)变化的技术过程，没有这样一个连续、严密和高技术过程，就不可能了解与掌握管辖海域环境问题，更不可能有效解决之。形象地说，．执法者不可能仅依据行政法规和技术法规(如海水水质标准)，而没有监测数据与法规上的指标对比来判断行为人是否存在违法或违规行为。从这个意义上说，海洋监测是海洋环境保护管理的基础。