相传清雍正时彰化设治，有笨港（今新港、北港附近）工匠将自家奉祀之天上圣母香火携来，置工寮内祭拜以庇平安。每入夜晚，频见工寮顶上五彩豪光照射天空，附近居民遂于清乾隆三年（公元1738年）就工寮所在创建该庙。

南瑶宫祭奉妈祖颇多灵应，信徒遍布全省，有“彰化妈应外方”之誉。因其由笨港分香而来，每年旧历三月该庙信众均往笨港进香。自清道光年间开始，迄今已百余年。