5月5日上午10点接北海监测中心赤潮通报后，日照市海洋与渔业局高度重视，迅速行动，积极协调有关部门采取有力措施，全面做好应对处置工作。市委书记杨军作出重要批示，要求“及时组织监测和应对”； 市长李同道多次过问赤潮有关情况，明确要求做好应急处置工作；市委常委、副市长刘西良第一时间批示要求“派出执法船持续监视，并做好趋势预测，及时采取措施防范；组织专家尽快搞清楚成因；及时与宣传部沟通把握好舆情”。5月6日，刘西良副市长带领市海洋与渔业局等有关部门出海观测海上赤潮发生情况，并召开专题会议进行研究部署。截至5月6日，赤潮分布面积缩减至108平方公里，主要分布在距日照市岸边14公里以外的外海海域，数量较少，密度较低，未对日照市渔业生产、捕捞等造成不利影响。
一是召开紧急会议传达市领导的批示精神，对赤潮应对工作进行再安排再部署，下发紧急通知，要求各级渔业主管部门立即采取措施，做好防范应对准备。二是成立了由局主要负责同志任组长的赤潮应急处置领导小组，明确了责任分工。三是加强监视监测，主要负责同志和分管负责同志坚持到一线巡查指挥，并按照属地原则，划分了沿海各区监测范围，对日照市海区进行全方位巡视观测。四是成立了专家会商组，及时会商分析赤潮发展情况，指导沿海渔民做好防范工作，对此次赤潮形成原因进行分析研究。五是加强信息沟通，配合宣传部接受了中央电视台采访，宣传日照市主动应对赤潮的有关措施。与北海分局加强了联系，及时掌握有关的动态，并邀请北海分局派出专家于来日照市进行现场指导。六是加强水产品市场监管，对日照市的水产品进行抽检，确保水产品质量安全。