为进一步加强昌邑海洋生态特别保护区的建设与保护力度，促进保护区内海洋环境和海洋生物资源的恢复，昌邑市海洋与渔业局多措并举，不断加强海洋生态特别保护区管理。

一是加大日常巡护管理力度。防止未经批准的单位和个人在保护区内擅自开展活动，全面掌握保护区的状况，使海洋生态特别保护区内的海洋环境和生物资源得到有效保护。

二是建立健全各项规章制度。根据保护区建设管理的实际需求，编制了《山东昌邑海洋生态特别保护区管理规章制度》和《山东昌邑海洋生态特别保护区防火预案》等一系列规章制度，并积极采取措施，确保各项管理制度的有效运行。

三是加强人员培训。定期对现有工作人员进行全面、系统的培训，使每个工作人员能基本掌握保护区建设和管理的相关政策、法规和科学知识，促进保护区管理的科学化和规范化。

四是积极争取各级各类项目资金进行植被修复。加大柽柳、碱蓬等植物的栽植恢复力度，同时与国家海洋局第一海洋研究所等多家科研院所合作，将保护区作为多个海洋公益项目的示范区，为保护区的科学发展具备了强有力的科技保障。