《闽都别记》是福建历史上流传至今篇幅最长的一本传奇话本小说，充满浓郁的乡土文化气韵，尤其是张扬了福建海洋文化气息。
福建临海，省会福州是一个沿海城市，古有“闽在海中”之说。闽人很早开始了与海打交道，并与周边开展海上贸易活动。《闽都别记》第一百六十七回《严采莲假男聘佳婿，铁连环作戆图美男》，说福清人“在网山地方，该处无人读书，都是讨海种田。他是王姓，有百万家财，父兄皆在海中行钓船。”第十九回《素女庙题诗妯和娌，乌龙江被浪难救灾》，说福州有一位名叫吴光的大海商，家有百万家财。他生有6个孩子，拥有10只海船，不仅常往返于天津、淮、扬等地进行商贩活动，而且还经常出洋贸易。”第二十回《启文得交信报无到，青娘爱夫卦占有灵》，说“长子名鸿经，五子鸿谋，同父管押十只洋船往来，一年至交趾、日本、吕宋等国，一年至天津、山东、淮扬各处。次子鸿济、三子鸿韬、四子鸿略，在淮安坐庄，料理十六间行务。”第二十九回《刘尚杰捡契听书，众乡邻代地添骨》，说“连江有一户姓刘名海福，先在洋船上做水手，后帮捎搭货，遂至自行载货通番。娶妻俞氏，未几年，发至数十万家财。晚年只生一子，知足，不复漂洋，将银尽置田产，皆本乡地场，周围一眼望之不尽，都是刘家田园。”
这些描述，反映了福建，特别是福州地区的人民敢斗风浪，以海为生，发展海上贸易的情景。
发展海上渔业与海洋贸易，要走一条风险的道路。对此，《闽都别记》予以记载。第一百八十三回《吴云程计捉海寇首，铁麻姑醉醢晓烟尸》描述福州长乐军正使、商人祝长安敢冒风险的经历：
有船行洋贸易。那年，至渤泥国进港，船碰礁凿破，货没人存，向国王借二千置货回，得利。又装货，带子晓烟同至渤泥入澳，船又打破，货又尽没。又向王借本，因不借，将子晓烟送进为质。又借五千银，装货来中国发了。复至渤泥，王知获息无几，不待开言，又发银五千与之，置货往返数回，得息数倍，遂加息还本，与王赎子。
第二百六十一回《风漂麻喇国以人疑鬼，巧盗中国种藏妇谋儿》载：
福建漳州府商人，载货去日本国中售卖。一日船至洋中，忽遇暴风突起，船被击碎，通船数十人皆溺于水，死活不知。惟余五人，抱木逐浪漂流，不知有几多里数。忽共至一海岸，遇救得生。一乃船主出海，姓郝名元，其余四人：一乃掌数船伙姓阮，一乃掌货船伙姓芮，一乃管碇船伙姓朴，一乃二副出海姓樊。
不仅如此，官府还对他们盘剥，重征海商税赋，甚至罗织罪名谋夺海商财物。第六十回《小康回夺父弟海船，王月英救伯母投吴》记载五代闽国王璘时，官府就以私通外国的罪名，对海商进行巧取豪夺：
各处使有爪牙探访，探得吴光十只大船载有百万洋货，现在进港。……吴光之十船正收泊江干，军卒喝曰：“国计使薛老爷奉旨来查验洋船。”……内载：奇楠香五百斤，人参六百斤，燕窝一千斤，珍珠大小三斛，珊瑚长短二十四树，其余珍奇异宝无数，看之不尽。只看四五号止，文杰便骂曰：“好个大盗，即古之吕不韦亦无此货，这不是私通外国，盗劫而来么？”即令将十条船尽数抄封。……薛文杰重征赋税，商民怨恨，至闻吴光十船被其抄封，众皆不平。台江上下数千号商船来会齐，助吴光反出。……吴光扬帆顺风，不数旬到了江南扬州。……吴王杨渥悦而纳之，以吴光为嘉远侯，督领淮扬水军，……共请讨王璘、薛文杰。
当时，官府对海商的各种盘剥使“商民怨恨”，以致“众皆不平，台江上下数千号商船来会齐”，帮助吴光反出福州城。吴光在福州无立锥之地，被官府剿捕。书中说：“李家宰奉诏书来斩吴光，而吴光之船已出扬子江大洋去矣。起先吴光留心避祸，故家眷等皆寄寓苏州，六子亦不与在朝，仍为商贾。……时诸子十只船货皆装满往东洋，有书来禀。……至吴光同小康回及诸人出洋，遇着，一同驶至日本倭国。吴光之子鸿经、鸿济、鸿韬、鸿略、鸿猷共掌十只洋船在苏州，素常来往倭国贸易。”
海运贸易，促进了与南洋诸国货物交流的同时，也促进了闽人与各国的了解与文化交流。如第一百八十回《重拜谊回船遗碇，三漂泊群入断魂》描写海商船遭风漂流海上，不识海程路径，见一岛便往泊：进一港，有讨鱼者泛竹排，排边有四五人蹲在，以两手入海里捕鱼，其人身不满五尺，手长丈余，捕有鱼或捉入篓，或入口即食，手长似虾摄物入嘴一样。从这段描写中可以看出当时南洋诸国的生活习俗、风土人情。
《闽都别记》基于海商海上奇遇见闻，创作出许多神秘离奇的故事。如第一百四十四回《烛阴国听棍说大话，不周山望仙亲回程》、第一百四十五回《男女仙救童斩光棍，夫妻翁带幼漂渤泥》、第一百四十六回《听胡茄盗幽女会妹，停风浪品箫琴论文》描述海船往返海上所历烛阴国、大人国、一目国、轩辕国、蓬莱国、黑齿国、穿身国、小人国、交胫国等见闻。再如，第一百八十回《重拜谊回船遗碇，三漂泊群入断魂》描写海船险遭鲸鱼吞噬的奇遇：“不知行有多少水路，时太阳已西，忽见东山头又并出两日，灼耀而明。众惊异，何以连出三太阳。又望见东山头太阳下有一大洞，海水奔流入洞急如百箭，船舵下转，将流入。”紧接着第一百八十一回《免巨鱼吞天女赐谶，因群猿会丽容报恩》描述船被番人救出后，那番人告诉他们说：“不知耶！适浮起双日与山乃是大鱼仰首，双目如日，口张似洞，船若流入被吞，至七日化作粪矣。”又如第二百四十一回《云程随妻归扶颠国，麻姑格物取化鸡虫》说：“有人食面至数十斤不饱，其腹中有消麦虫，人亦黄瘦，将其饿至饥甚，以炒熟之面引出，状如蝎，人亦不再食面。虫贮于筒内，带至海边，熬一锅滚油，将虫入油翻滚。须臾，海中夜叉捧献一盘小珠，不受，叱之去。又来献中大珠一盘，又叱之。遂捧一粒碗大之珠来献，始接受之。油中虫捞起，又存筒内如故。把碗大之珠抛落海中，海水裂开成路，遂入海藏，选取奇珍异宝而回。”这些描述显然是作者的夸饰之笔，甚至荒诞之说，读之，如同天方夜谭之神话一般。
《闽都别记》还对海疆建设作出贡献的人物，或是海交名人，浓墨重彩加以渲染。郑氏海商集团创始于郑芝龙，算得上当时世界海洋贸易和航运业中的“船王”与大商人。第三百一十六回《娶王女仙鲤投胎孕，秉节钺倭国还英儿》中叙述了郑芝龙下海亦商亦盗、受招安为官以及抗击荷兰殖民侵略者的过程：适有将往日本国便船，芝龙即投上船为水手。船至日本国，芝龙投于乡亲栈行中。……那时有中国海澄人颜思齐为首盗，……芝龙兄弟遂投之。至首盗颜思齐死，再欲立首。众人以决，乃效王审知以剑插米中，各来拜，能拜动剑者，乃天所授也。即插剑，众皆拜不动。芝龙一拜，剑即跃落地。众遂服之为魁首。欲寻地场，遂寻至台湾。……台湾全为芝龙所有。……又分据各海岛。……
天启六年，船聚漳浦白礁洋面，抚镇朱一凭遣官兵击之，不能胜。……泉州太守王取，遣人招安，芝龙早有归顺意……遂率众降于督师熊文灿。……崇祯三年，芝龙奉命平广盗、征生黎，屡著劳绩。……贺兰来犯厦门，巡抚邹继琏拜芝龙为将剿之。……芝龙率兵攻杀，生擒贺兰五十余人。……芝龙官至都督，威名大振。
第三百四十三回《隆武陷没芝龙归顺，成功踞岛施琅投诚》又载：郑芝龙在番多年，群寇皆其担盟，行船若无郑氏旗号，不能在海来往。每条船插有郑氏旗号，纳银二十两，一年共计收银千万。……郑氏富贵甲于七闽。
书中所塑造的郑芝龙依靠朝廷，剿除兼并其他海盗队伍，控制了东南沿海直达马六甲海峡的制海权，成为一支可与当时欧洲东来的海上殖民势力相抗争力量的形象及其发迹经历，基本与历史文献记载相吻合，但作为文学形象，其中不乏有作者想象元素。
福建海商在海外的商业贸易活动中，弘扬中国传统文化，实际上是张扬了海洋文化，在《闽都别记》中也得到充分尊重。比如，第三百九十五回《投军伍拐子归正道，遇恶兽伥鬼救生还》、第三百九十六回《发心向善神护鬼远，漂舰报功兵擢官升》描述时有荷兰番众反叛，在海岛掠劫过往客商。提督万正色同许参将带兵去征剿，维护海上安全。不幸的是，战斗过后许参将之船迷失方向，漂泊数日，才收泊于临近广东的一岛国———儋耳国。官兵进入关东地界，歇息于同安一旅店，听一持杖老人说闲游乌石山道山观见有摩崖石刻，上面刻有中国古训：
勿损人利己，勿口是心非，
勿见财忘义，勿暗室相欺，
要平安守分，要广积阴功，
要轻财重义，要济急扶危。
这段描写，表达出福建海商经商之道，以及提倡平安守分、广积阴功、轻财重义、济急扶危的良好社会公德，至今乃有现实意义。
